Biodiesel wird aus ölhaltigen Pflanzen hergestellt. Das Pflanzenöl für die Biodieselproduktion liefert in Deutschland fast ausschließlich die Rapspflanze. Im Herstellungsverfahren werden zunächst die Rapssamen in einer Ölmühle zermahlen und gepresst. Der Ölgehalt beträgt rund 40 Prozent. Die übrigen rund 60 Prozent der zermahlenen Rapssamen entfallen auf den Pressrückstand, auch Rapskuchen genannt. Er hat einen hohen Eiweißgehalt und wird in der Futtermittelindustrie weiterverwendet.

Um aus dem gewonnenen Pflanzenöl dann Biodiesel zu produzieren, muss das Öl über die sogenannte „Umesterung“ chemisch umgewandelt werden. Dies ist notwendig, weil das Pflanzenöl aufgrund seiner molekularen Struktur für den Einsatz als Kraftstoff in serienmäßigen Dieselmotoren nicht geeignet ist.

Der Biodiesel entsteht bei der Umesterung aus dem Öl durch die Zugabe von Methanol und einem Katalysator. Das Rapsöl-Methanol-Gemisch wird in einem Rührkessel mit Wärmetauscher für mehrere Stunden bei Temperaturen von 50°C bis 65°C gerührt. Nach dem Abkühlen im Absetztank liegt das Gemisch in zwei Phasen vor: Die obere (leichtere) Schicht ist der Roh-Biodiesel, die schwerere untere Schicht besteht aus Glycerin und Nebenprodukten. Nach dem Ablassen des Glycerins kann dieses aufgearbeitet und für industrielle Zwecke (z.B. in der Pharma- oder Kosmetikindustrie) genutzt werden. Aus dem Roh-Biodiesel wird nun durch verschiedene Reinigungsschritte das überschüssige Methanol entfernt. Durch diese Prozessschritte entsteht qualitativ hochwertiger Biodiesel mit einem optimalen Fließverhalten. Nach der Aufbereitung wird der Biodiesel zur Lagerung in große Tanks gefüllt. In der Regel wird Biodiesel heutzutage dem fossilen Diesel beigemischt. Der Absatz als reiner Biodiesel (B100) ist nach dem Abbau der Steuervergünstigung für den umweltfreundlichen Kraftstoff nur noch ein Nischenprodukt.

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